Gallivaggio è il centro spirituale della Valchiavenna. Il santuario fu costruito nel castagneto dove il 10 ottobre 1492 la Madonna apparve a due ragazze che si erano recate di buon'ora in quelle selve a raccogliere castagne. Era allora, come oggi, un luogo orrido rinserrato tra le rupi di altissimi monti, ai piedi di una precipite e spoglia scogliera che non per nulla la gente chiama "móta séca". Dal ciglione roccioso cadevano massi ciclopici, come testimoniano quelli di cui sono disseminate le selve appena a monte della chiesa.
Allora, nel Quattrocento, la località di Gallivaggio era isolata, poco sopra l'alveo del Liro, che rumoreggia sul fondovalle cercando una via tra il materiale alluvionale che reca con furia il torrente Avero quando è gonfio d'acqua. Nei castagneti, sotto lo spoglio strapiombo, si arrivava per ardui sentieri più adatti alle capre che agli uomini.
La tradizione racconta che in quello scenario selvaggio la Madonna della Misericordia affidò alle due giovani un messaggio accorato. "Se i peccatori non si convertiranno, il mondo non potrà durare a lungo". La punizione divina sarebbe stata certa se i peccatori non si fossero ravveduti e se non si fosse osservato il precetto festivo. Infatti la Vergine raccomandò ancora di rispettare la domenica, in suo onore e di suo Figlio, a iniziare dai vesperi del sabato. "E così egli esaudirà le mie suppliche a vostro vantaggio ed io non mi stancherò di pregare con maggiore ardore per i peccatori".
Seguirono numerosi prodigi. Sul luogo dello straordinario avvenimento fu costruita una cappella, presto sostituita da una prima chiesa che fu poi abbattuta per erigere l'attuale santuario consacrato nel 1615. Sopra l'altare maggiore, in una nicchia, è il gruppo ligneo che raffigura la scena dell'apparizione.
Le tre cappelle sono state affrescate da Domenico Caresana di Cureglia (Canton Ticino) nel biennio 1605-6. Pregevoli sono pure la tela del sondriese Cesare Ligari raffigurante il Crocifisso tra frati francescani (1739) e quella dell'Incoronazione di Maria dipinta nel 1606 da Paolo Camillo Landriani, detto il Duchino, che un tempo fungeva da pala dell'antico altare.
Pregevoli pure la cassa e la balconata dell'organo, realizzate nel 1673 anche con il contributo degli emigranti a Palermo.