La chiesetta fu costruita poco prima del Mille sul luogo dove era stato ritrovato il sepolcro del martire Fedele. Si tramanda che egli fosse un soldato valoroso e un cortigiano dell'imperatore Massimiano. Convertito al cristianesimo dal vescovo di Milano Materno, partecipò alla liberazione dei soldati della legione tebea superstiti alla strage di Agaune. Con loro fuggì verso Como, dove si rifugiarono ai piedi del colle Baradello. Scovati dalle milizie imperiali, furono quasi tutti trucidati sul posto per la loro fede.
Fedele riuscì a sottrarsi all'eccidio: risalì il Lario fino alle estreme sponde settentrionali. I soldati lo inseguirono e lo catturarono nei pressi di un villaggio di pescatori. Non volle rinnegare Cristo e, condotto poco lontano in una località chiamata Torretta, fu decapitato (286). Sul luogo del martirio fu eretto un primo sacello. Il vescovo pavese Ennodio (473-521) ricorda che la tomba del santo era su un breve lembo di terra tra il lago che lo lambiva a oriente e i dirupi inaccessibili del monte che si perdono tra le nubi.
Il piccolo mausoleo andò poi in rovina. Solo dopo il ritrovamento delle reliquie, che furono portate a Como nel 964, si costruì questo gioiello architettonico conosciuto come "Sanfedelino". Il nome gli va a pennello, considerate le dimensioni lillipuziane che la natura del luogo impose ai costruttori. Il lago si è ritirato; ma ora molto vicino scorre la Mera che poco oltre va ad acquietarsi nel lago di Mezzola.
L'oratorio è a pianta quasi quadrata con abside semicircolare orientata verso est, per cui la facciata se ne sta sacrificata contro la roccia della montagna. L'interno è soffittato con una volta a crociera, che poggia in corrispondenza di tre angoli su semplici peducci, mentre nel quarto è una rozza scultura antropomorfa.
Le pareti e le quattro vele della volta erano affrescate. Ne restano tracce sulle pareti. La zona meglio conservata è quella absidale. Nel catino è raffigurato Cristo pantocratore in gloria che mostra le scritture aperte sulla pagina: "Io sono la via, la verità e la vita". Ai lati si prostrano in atto di adorazione due angeli con le braccia tese coperte da un drappo rosso. Nella fascia sottostante si intravedono le figure degli apostoli. I dipinti sono attribuiti a un pittore lombardo, di cui non si conosce il nome, che avrebbe lavorato nel primo ventennio dell'XI secolo.